En person kan i Danmark få nyt CPR-nummer i tilfælde af rettelse af fødselsdato, ved såkaldt “juridisk kønsskifte” samt i tilfælde af identitetstyveri. I FMK håndteres det således, at et medicinkort, en recept, en POR-relation eller et dosisdispenserings-kort kan tilhøre flere CPR-numre. Hvis en person skifter CPR-nummer, vil det efterfølgende være muligt at læse FMK data både på det gamle og det nye CPR-nummer, med samme svar til følge.

- Dog med en vigtig undtagelse: svaret der returneres vil altid indeholde det aktive CPR-nummer, også selv om det CPR-nummer der er forespurgt på, er det gamle. Man kan ligeledes oprette lægemiddelordinationer, recepter m.v. på det gamle CPR-nummer, og de pågældende data vil på samme vis blive returneret, uanset om man spørger på det gamle eller det nye CPR-nummer.

- Vigtigt om gamle CPR-skift: Grundet FMK's implementering af CPR-skift er af nyere dato i forhold til CPR-skift som en realitet i CPR-registeret, vil der være gamle CPR som ikke kan CPR-skiftes, da der forefindes data på både nyt og gammel CPR, og FMK har ikke teknisk mulighed for at sammenflette disse 2 medicinkort.