Samtlige ændringer af medicinkortet eller lægemiddelordinationer på medicinkortet vil medføre at der oprettes en ny version af medicinkortet. Derved haves en historik over ændringer på medicinkortet.

Versionsnummeret vi ikke være et fortløbende nummer, men en numerisk værdi svarende til en long-type i Java og .Net, eksempelvis 1341404041211004002. Der må derfor ikke lægges nogen betydning i et versionsnummer ud over at versionsnummeret kan anvendes til at fastslå om to udgaver af data har samme version, f.eks. versionen af en lægemiddelordination returneret ved opslag på FMK og en lokal version der tidligere er hentet. Versionsnummeret kan dog anvendes til at fastslå, om en version er nyere eller ældre end en anden.

På medicinkortet og på lægemiddelordinationen findes der relationer til forrige version, og på historiske (ikke aktuelle versioner) også til næste version.