Der kan være angivet at patienten aktuelt er indlagt. Dette kan ske som en automatisk registrering, ud fra sygehusets PAS. Der kan ske udleveringer til personer der er indlagt, eksempelvis udleveringer af dosisdispenseret medicin.
Angivelse af at en patient er indlagt betyder at medicinkortet ikke er retvisende, da der kan være medicin ført i lokalt system. Desuden er indlæggelsesmarkering nyttig information, f.eks. i forbindelse med levering af dosispakkede lægemidler.
Hvis medicin har været ført i et lokalt system i forbindelse med en indlæggelse, er det den ansvarlige organisations pligt at sikre, at FMK opdateres med aktuel medicin, når patienten forlader behandlingsstedet og medicineringen ikke længere alene føres lokalt. Gøres dette ikke, udgør det et patient-sikkerhedsmæssigt problem, da andre sundhedsfaglige ikke har et korrekt beslutningsgrundlag at handle ud fra.
Medicinkortet kan være markeret ikke-ajourført for at angive at FMK ikke er retvisende. Dette vil typisk ske hvis en patient er udskrevet uden ajourføring.
Når en organisation har registret at medicin føres i lokalt system ved en ikke-ajourført-markering, kan denne tilstand kun ophæves efter, at der er gennemført en medicinajourføring, og servicen marker medicinkort ajourført er kaldt. Her signerer en læge, at FMK nu er retvisende. Dette bør være en læge fra den organisation der har ført medicinen i et lokalt system, men kan også gøres af andre, der har dannet sig det fornødne overblik. Vælger andre sundhedsfaglige alligevel at tage ansvar for ændringer i medicinen, og opdatere FMK med dette, må en læge revurdere patientens samlede medicin.
At der er en indlagt relation eller at medicinkortet ikke er ajourført forhindrer ikke at medicinkortet opdateres eller at der udleveres lægemidler på apoteket.