Organisationskoder anvendes til at sikre at opslag og opdateringer af FMK, kun udføres af kendte organisationer. Organisationskoder valideres af FMK, såfremt der findes et grundlag for at kunne validere koderne. I nedenstående tabel angives de organisationskoder, der er kendt i FMK, hvor de kan anvendes i snitfladen samt hvorledes de valideres.
| Kode | Kan anvendes ved | Valideringsgrundlag (NSP stamdata) |
| Ydernummer | OrgUsingID, Modifikator | YdernrYder fra datatypen Yderregister.Yder. Desuden er det et krav for alment praktiserende læger (af hensyn til kommunikation til patientens egen læge) at lægehuset er registreret med ydernummer i SOR med typen 'Almen lægepraksis', samt at den tilhørende institutionsejer er registreret med det korrekte CVR-nummer |
| SKS | OrgUsingID, Modifikator | Nummer fra datatypen SKS.Organisation samt Nummer fra datatypen SOR.sygehusafdeling. SKS koder fra SOR har præcedens. 4 ciffer SKS kan anvendes i enkelte tilfælde, ellers anvendes 6 eller 7 ciffer SKS koder. Nogle regioner har selv opfundet 8. og 9. ciffer. Disse ekstra ciffer fjernes inden validering |
| Kommunekoder | OrgUsingID, Modifikator | Intern FMK validering. Det er kun muligt at anvende valide kommunekoder |
| EAN-Lokationsnummer | OrgUsingID, Modifikator | EanLokationsnummer fra apotek datatypen i SOR. For at apoteker kan anvende FMK, er det et krav at de er registreret i SOR med typen 'apotek' eller 'apoteksfilial' med det korrekte lokationsnummer, samt at den institutionsejer de er tilknyttet i SOR er registreret med det korrekte CVR-nummer |
| CVR | OrgUsingID | Valideres ikke |
| CVR-P | OrgUsingID | Valideres ikke |
| SOR | OrgUsingID, Modifikator | Valideres mod SOR data. BEMÆRK: SOR kan ikke anvendes af alle typer organisationer. Se Brug af SOR i FMK for mere information |