I dette afsnit beskrives medicinkortets struktur, dvs. hvordan det er sammensat af lægemiddelordinationer, receptordinationer, og effektueringer.
Enhver person med et dansk personnummer vil have et medicinkort på FMK. Medicinkortets primære indhold er lægemiddelordinationer. Receptordinationer, som er sendt til et apotek gennem receptserveren vil også findes på medicinkortet. Endeligt kan effektueringer også findes på medicinkortet, dels som lægens udleveringer og indgivelser og dels som apotekets udleveringer.
I nedenstående struktur er der vist nogle grundlæggende strukturer på medicinkortet. Med en enkelt undtagelse, der beskrive senere, kan alle tre elementer dog forekomme 0 eller mange gange:
Ud over de her beskrevne strukturer kan andre kombination forekomme. F.eks. kan lægen ved en konsultation oprette en effektuering og udlevere lægemidlet til patienten første gang, hvorefter patienten senere over tre gange kan afhente lægemidlet på apoteket idet lægen udsteder en recept. Strukturen for dette eksempel kan se således ud:
Receptordinationer direkte på medicinkortet opstår når receptserveren indeholder information om receptordinationer der er oprettet uden om FMK, dvs. som er modtaget på receptserveren som EDIFACT, eller på apotekerne som en papirrecept, via fax eller som telefonrecept.